Hiệp định EVFTA quy định 3 phương pháp để xác định xuất xứ của một hàng hóa, bao gồm:

1. hàng hóa có xuất xứ thuần túy;
2. hàng hóa được gia công hoặc chế biến đáng kể;
3. quy tắc cụ thể đối với từng mặt hàng (PSR).

Bên cạnh đó, quy tắc cộng gộp cho phép Việt Nam và các nước thuộc EU được coi nguyên liệu của một hoặc nhiều nước thành viên khác như là nguyên liệu của nước mình khi sử dụng nguyên liệu đó để sản xuất ra một hàng hóa có xuất xứ EVFTA.

Ngoài ra, hai bên đã thống nhất một số nội dung mới như sau:

Cơ chế tự chứng nhận xuất xứ:

Bên cạnh cơ chế cấp Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) truyền thống, hai bên thống nhất cho phép nhà xuất khẩu được tự chứng nhận xuất xứ. Đây là cơ chế mà nhà xuất khẩu tự khai xuất xứ của sản phẩm trong bộ tài liệu nộp cho cơ quan hải quan của nước nhập khẩu thay vì phải xin giấy chứng nhận xuất xứ từ các cơ quan chức năng.

Đối với hàng hóa xuất khẩu từ EU:

Với lô hàng có trị giá dưới 6.000 EUR, bất kỳ nhà xuất khẩu nào cũng có thể tự chứng nhận xuất xứ.

Với lô hàng có trị giá trên 6.000 EUR, chỉ có nhà xuất khẩu đủ điều kiện (Approved exporters) mới được tự chứng nhận xuất xứ.

Hiện nay, EU đang xây dựng hệ thống nhà xuất khẩu đăng ký (Registered exporters) - là hệ thống cho phép nhà xuất khẩu chỉ cần đăng ký với cơ quan có thẩm quyền là có thể tự chứng nhận xuất xứ. Khi hệ thống này hoàn thiện và được áp dụng, EU sẽ thông báo cho Việt Nam trước khi thực hiện.

Đối với hàng hóa xuất khẩu từ Việt Nam:

Hiện nay, Việt Nam chưa chính thức triển khai cơ chế tự chứng nhận xuất xứ. Trong thời gian tới, khi có thể chính thức áp dụng cơ chế này, Việt Nam sẽ ban hành quy định liên quan trong nước và thông báo cho EU trước khi thực hiện.

Dự kiến, nhà xuất khẩu sẽ tự chứng nhận xuất xứ trên một hoá đơn, phiếu giao hàng hoặc bất kỳ chứng từ thương mại nào mô tả sản phẩm liên quan với đủ thông tin để xác định được sản phẩm đó. Chứng từ tự chứng nhận xuất xứ không phải thể hiện tiêu chí xuất xứ và mã HS hàng hóa nhưng phải có chữ ký của nhà xuất khẩu. Trong trường hợp nhà xuất khẩu đủ điều kiện có đăng ký với cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu về việc chịu hoàn toàn trách nhiệm với chứng từ tự chứng nhận xuất xứ do họ phát hành thì không phải ký tên trên chứng từ đó.

Bên cạnh đó, việc tự chứng nhận xuất xứ có thể được thực hiện sau khi xuất khẩu hàng hóa với điều kiện chứng từ chứng nhận xuất xứ đó phải được xuất trình tại Bên nhập khẩu không muộn hơn 2 năm hoặc khoảng thời gian được quy định trong luật pháp của Bên nhập khẩu, tính từ khi hàng hoá được nhập khẩu vào lãnh thổ của Bên đó.

Quy tắc cụ thể mặt hàng (PSR):

Quy tắc cụ thể mặt hàng là quy tắc xác định xuất xứ đối với từng mặt hàng (ở cấp độ mã HS 8 số). Danh mục PSR được Việt Nam và EU xây dựng dựa trên các tiêu chí chủ yếu là:

1. Giới hạn tỷ lệ nguyên vật liệu không có xuất xứ trong quá trình sản xuất, gia công;
2. Tiêu chí chuyển đổi nhóm (cấp độ 4 số) và phân nhóm (cấp độ 6 số) mã số HS của sản phẩm cuối cùng so với mã số HS của nguyên vật liệu tham gia vào quá trình sản xuất;
3. Công đoạn gia công cụ thể;
4. Công đoạn gia công, chế biến thực hiện trên nguyên liệu có xuất xứ thuần túy.