Nhật Bản cam kết xóa bỏ thuế quan cho 96,45% tổng số các dòng thuế trong Biểu thuế cho hàng hóa Việt Nam vào cuối lộ trình (năm 2026), trong đó:

• Đối với nông sản: Xóa bỏ thuế quan đối với 36% số dòng thuế nông sản ngay khi VJEPA có hiệu lực (năm 2009); tiếp tục xóa bỏ dần các dòng thuế nông sản theo lộ tình cụ thể (dài nhất đến 2019) trừ Nhóm được loại trừ (nhóm X) (bao gồm 735/2350 dòng thuế nông sản mà Nhật Bản kiểm soát chặt bằng hạn ngạch thuế quan, các biện pháp định lượng) và Nhóm đàm phán sau (nhóm C2) (là nhóm các sản phẩm Nhật Bản đang cải cách cơ cấu)
• Đối với thủy sản: Cam kết cắt giảm thuế ngay (năm 2009) đối với 19% số dòng thuế thủy sản, sau 15 năm sẽ cắt giảm tổng cộng 57% số dòng thuế thủy sản (188/330 dòng); 33% số dòng thuế thủy sản (59/330 dòng) áp dụng hạn ngạch nhập khẩu.
• Đối với hàng công nghiệp: Xóa bỏ thuế quan ngay đói với 95% số dòng thuế sản phẩm công nghiệp, sau 10 năm là 97% số dòng thuế; khoảng 57 dòng thuế sản phẩm công nghiệp vẫn áp dụng hạn ngạch nhập khẩu (chủ yếu trong dệt may, da, da thuộc); 58 dòng thuế không cam kết cắt giảm (quần áo da, giầy dép).

Việt Nam cam kết xóa bỏ thuế quan cho hàng hóa Nhật Bản theo lộ trình như sau:

• Từ 2018, xóa bỏ thuế quan đối với 41,78% số dòng thuế trong Biểu thuế
• Đến năm 2026 (năm cuối của lộ trình cắt giảm thuế) xoá bỏ thuế quan đối với 90,64% số dòng thuế trong Biểu thuế

Hàng hóa được coi là có xuất xứ VJEPA nếu hàng hóa có xuất xứ thuần túy hoặc được sản xuất toàn bộ tại mộ nước Thành viên, hoặc hàng hóa đáp ứng được một trong hai trường hợp sau:

• Hàng hóa đáp ứng tiêu chí xuất xứ chung:
  • Hàm lượng giá trị khu vực (RVC): tối thiểu 40%, hoặc
  • Chuyển đổi mã HS (CTC): chuyển đổi ở cấp 4 số (CTH – nguyên vật liệu không có xuất xứ phải thuộc Nhóm HS khác với Nhóm HS của thành phẩm).

• Hàng hóa có quy tắc xuất xứ cụ thể: một số hàng hóa không áp dụng tiêu chí xuất xứ chung mà quy tắc xuất xứ cụ thể áp dụng cho hàng hóa đó được quy định trong Danh mục quy tắc xuất xứ cụ thể mặt hàng.

Giấy chứng nhận xuất xứ VJEPA là C/O mẫu VJ. Tất cả các C/O mẫu VJ hiện đang được cấp bản giấy. C/O VJ có thể cấp trước, trong hoặc sau thời điểm xuất khẩu của hàng hóa. VJEPA chưa có điều khoản về Tự chứng nhận xuất xứ.

VJEPA có một số cam kết mới so với WTO liên quan đến các định nghĩa, mức độ bảo hộ cạnh tranh tỏng một số lĩnh vực dịch vụ (dịch vụ viễn thông…).

Về mức độ mở cửa thị trường dịch vụ:

• Mức cam kết mở cửa mà Việt Nam đưa ra trong VJEPA hầu như tương tự với mức cam kết của Việt Nam trong WTO;
• Nhật Bản mở cửa thị trường dịch vụ cho Việt Nam rộng hơn nhiều so với cam kết của nước này trong WTO (đặc biệt các dịch vụ chuyên môn như dịch vụ pháp lý, tư vấn thuế, dịch vụ máy tính, kỹ thuật, quảng cáo, phân tích kiểm định…; các dịch vụ về thông tin, xây dựng, phân phối, giáo dục, môi trường, tài chính, y tế, du lịch).

VJEPA có thêm cam kết mở cửa, tiếp nhận khách kinh doanh, cụ thể là nhận lao động là ý tá nếu đáp ứng đủ điều kiện theo yêu cầu luật pháp của nước tiếp nhận làm việc trong thời hạn 3 năm và có thể được gia hạn.

Ngoài ra, Nhật Bản còn cam kết dành cho Việt Nam ưu đãi ODA đào tạo mỗi năm 200 – 300 y tá Việt Nam tại Nhật Bản và cho phép y tá đào tạo tại Nhật Bản được làm việc lâu dài (tới 7 năm) tại Nhật Bản.