Nhật Bản cam kết xóa bỏ thuế quan cho 96,45% tổng số các dòng thuế trong Biểu thuế cho hàng hóa Việt Nam vào cuối lộ trình (năm 2026), trong đó:

• Đối với nông sản: Xóa bỏ thuế quan đối với 36% số dòng thuế nông sản ngay khi VJEPA có hiệu lực (năm 2009); tiếp tục xóa bỏ dần các dòng thuế nông sản theo lộ tình cụ thể (dài nhất đến 2019) trừ Nhóm được loại trừ (nhóm X) (bao gồm 735/2350 dòng thuế nông sản mà Nhật Bản kiểm soát chặt bằng hạn ngạch thuế quan, các biện pháp định lượng) và Nhóm đàm phán sau (nhóm C2) (là nhóm các sản phẩm Nhật Bản đang cải cách cơ cấu)
• Đối với thủy sản: Cam kết cắt giảm thuế ngay (năm 2009) đối với 19% số dòng thuế thủy sản, sau 15 năm sẽ cắt giảm tổng cộng 57% số dòng thuế thủy sản (188/330 dòng); 33% số dòng thuế thủy sản (59/330 dòng) áp dụng hạn ngạch nhập khẩu.
• Đối với hàng công nghiệp: Xóa bỏ thuế quan ngay đói với 95% số dòng thuế sản phẩm công nghiệp, sau 10 năm là 97% số dòng thuế; khoảng 57 dòng thuế sản phẩm công nghiệp vẫn áp dụng hạn ngạch nhập khẩu (chủ yếu trong dệt may, da, da thuộc); 58 dòng thuế không cam kết cắt giảm (quần áo da, giầy dép).

Việt Nam cam kết xóa bỏ thuế quan cho hàng hóa Nhật Bản theo lộ trình như sau:

• Từ 2018, xóa bỏ thuế quan đối với 41,78% số dòng thuế trong Biểu thuế
• Đến năm 2026 (năm cuối của lộ trình cắt giảm thuế) xoá bỏ thuế quan đối với 90,64% số dòng thuế trong Biểu thuế