Trước khi làm thủ tục nhập khẩu lô hàng nguyên liệu, vật tư đầu tiên để thực hiện gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu, tổ chức, cá nhân thông báo cơ sở sản xuất cho cơ quan hải quan.

Địa điểm lưu giữ nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị nhập khẩu để gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu và sản phẩm xuất khẩu phải nằm trong khu vực sản xuất của tổ chức, cá nhân; trường hợp lưu giữ ngoài khu vực sản xuất thì tổ chức, cá nhân phải có văn bản, gửi cơ quan hải quan xem xét, quyết định.

Trách nhiệm kiểm tra của cơ quan hải quan:

1. Tiếp nhận văn bản thông báo cơ sở gia công, sản xuất hàng hóa xuất khẩu, địa điểm lưu giữ nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị, sản phẩm xuất khẩu do tổ chức, cá nhân nộp.

2. Kiểm tra cơ sở gia công, sản xuất, năng lực gia công, sản xuất

Các trường hợp kiểm tra:

a) Tổ chức, cá nhân thuộc đối tượng có dấu hiệu rủi ro thực hiện hợp đồng gia công hoặc được áp dụng thời hạn nộp thuế 275 ngày đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu;

b) Khi phát hiện có dấu hiệu xác định tổ chức, cá nhân không có cơ sở sản xuất hoặc nhập khẩu nguyên liệu, vật tư tăng, giảm bất thường so với năng lực sản xuất.

Việc kiểm tra được thực hiện sau 05 ngày làm việc kể từ ngày ban hành quyết định kiểm tra. Thời gian kiểm tra không quá 05 ngày làm việc.

3. Kiểm tra tình hình sử dụng và tồn kho nguyên liệu, vật tư máy móc, thiết bị

3.1 Các trường hợp kiểm tra:

a) Tổ chức, cá nhân thuộc đối tượng có dấu hiệu rủi ro đã nhập khẩu máy móc, thiết bị, nguyên liệu, vật tư mà quá chu kỳ nhưng không có sản phẩm xuất khẩu;

b) Khi có dấu hiệu xác định tổ chức, cá nhân nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị hoặc xuất khẩu sản phẩm tăng, giảm bất thường so với năng lực sản xuất;

c) Khi có dấu hiệu xác định tổ chức, cá nhân bán nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị, sản phẩm vào nội địa nhưng không khai hải quan;

d) Khi phát hiện tổ chức, cá nhân kê khai sản phẩm xuất khẩu không đúng quy định và không đúng thực tế;

đ) Khi số liệu quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị, hàng hóa xuất khẩu có sự chênh lệch bất thường so với số liệu trên hệ thống của cơ quan hải quan.

3.2 Chi cục trưởng Chi cục hải quan thực hiện kiểm tra sau thông quan theo quyết định của Cục trưởng cục hải quan tỉnh, thành phố.

Việc kiểm tra được thực hiện không quá 05 ngày làm việc tại cơ sở sản xuất, trụ sở của tổ chức, cá nhân. Đối với trường hợp phức tạp, Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố ban hành quyết định gia hạn thời hạn kiểm tra nhưng không quá 05 ngày làm việc.

3.3 Nội dung kiểm tra:

a) Kiểm tra hồ sơ hải quan, báo cáo nhập - xuất - tồn, chứng từ theo dõi nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị nhập kho, xuất kho;

b) Kiểm tra định mức thực tế sản phẩm xuất khẩu;

c) Kiểm tra tính phù hợp của nguyên liệu, vật tư với sản phẩm xuất khẩu;

d) Kiểm tra nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị trên dây chuyền sản xuất;

đ) Kiểm tra số lượng hàng hóa còn tồn trong kho;

e) Kiểm tra số lượng thành phẩm chưa xuất khẩu.

4. Kiểm tra báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị

- Tổ chức, cá nhân thực hiện báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị theo hình thức nhập - xuất - tồn.

- Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra báo cáo quyết toán trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro. Căn cứ kết quả kiểm tra báo cáo quyết toán, cơ quan hải quan xử lý các vấn đề liên quan đến thuế đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu.