Căn cứ thông báo kết quả phân luồng tờ khai hải quan của Hệ thống, quyết định của Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hoặc Chi cục Hải quan nơi kiểm tra thực tế hàng hóa, thông tin khai hải quan, thông tin chỉ dẫn rủi ro trên Hệ thống, công chức hải quan thông báo cho người khai hải quan thông qua Hệ thống về việc nộp, xuất trình một đến toàn bộ chứng từ thuộc hồ sơ hải quan và thực hiện kiểm tra chi tiết hồ sơ hải quan, kiểm tra thực tế hàng hóa. Trình tự kiểm tra gồm các bước sau:

1. Kiểm tra tên hàng, mã số hàng hóa, mức thuế

- Kiểm tra tên hàng, mã số hàng hóa, mức thuế khi kiểm tra hồ sơ hải quan: Hải quan kiểm tra nội dung khai và kiểm tra tính chính xác về tên hàng, mã số hàng hóa, mức thuế khai trên tờ khai hải quan với các thông tin ghi trên các chứng từ trong hồ sơ hải quan.

- Kiểm tra tên hàng, mã số hàng hóa, mức thuế khi kiểm tra thực tế: Hải quan kiểm tra nội dung khai và kiểm tra tính chính xác về tên hàng, mã số hàng hóa trên tờ khai hải quan với thực tế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Khi kiểm tra thực tế hàng hóa, công chức hải quan phải xác định tên hàng, mã số hàng hóa theo các tiêu chí nêu trong Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam, Biểu thuế áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

- Trường hợp lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu đã được thông quan trên cơ sở kết quả phân tích, giám định để xác định tên hàng, mã số hàng hóa thì cơ quan hải quan có thể sử dụng kết quả phân tích, giám định của lô hàng này để thực hiện thủ tục hải quan cho các lô hàng tiếp theo của chính người khai hải quan có cùng tên hàng, xuất xứ, mã số hàng hóa khai báo, nhập khẩu từ cùng một nhà sản xuất (đối với hàng hóa nhập khẩu).

2. Kiểm tra trị giá hải quan

Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra hồ sơ hải quan, trị giá do người khai hải quan khai trên tờ khai hải quan, tờ khai trị giá hải quan trên cơ sở quy định về phương pháp xác định trị giá hải quan, kiểm tra trị giá hải quan tại Thông tư số 39/2015/TT-BTC và Thông tư 39/2018/TT-BTC.

3. Kiểm tra, xác định xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu

3.1 Đối với hàng hóa xuất khẩu

Xuất xứ hàng hóa xuất khẩu được xác định dựa trên nội dung khai của người khai hải quan, chứng từ thuộc hồ sơ hải quan và thực tế hàng hoá.

3.2 Đối với hàng hóa nhập khẩu

Khi kiểm tra xuất xứ hàng hoá, cơ quan hải quan căn cứ vào chứng từ chứng nhận xuất xứ, hồ sơ hải quan, thực tế hàng hoá, những thông tin có liên quan đến hàng hoá và quy định tại Điều 15 Nghị định số 19/2006/NĐ-CP ngày 20/02/2006 của Chính phủ, Thông tư hướng dẫn thực hiện quy tắc xuất xứ ưu đãi và không ưu đãi của Bộ Công Thương và các văn bản hướng dẫn có liên quan.

3.3 Xác minh xuất xứ hàng hóa nhập khẩu

Tổng cục Hải quan thực hiện việc xác minh xuất xứ hàng hóa nhập khẩu với cơ quan có thẩm quyền cấp giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa; tổ chức, cá nhân tự chứng nhận xuất xứ hàng hóa hoặc tại cơ sở sản xuất hàng hóa xuất khẩu.

Thủ tục xác minh được thực hiện theo quy định của Bộ trưởng Bộ Công Thương về thực hiện quy tắc xuất xứ trong các Điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.

4. Kiểm tra việc thực hiện chính sách thuế, kiểm tra việc áp dụng văn bản thông báo kết quả xác định trước

- Kiểm tra điều kiện để áp dụng biện pháp cưỡng chế, thời hạn nộp thuế theo quy định.

- Kiểm tra các căn cứ để xác định hàng hóa không thuộc đối tượng chịu thuế trong trường hợp người khai hải quan khai hàng hóa không thuộc đối tượng chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường.

- Kiểm tra các căn cứ để xác định hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế trong trường hợp người khai hải quan khai hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế.

- Kiểm tra các căn cứ tính thuế để xác định số tiền thuế phải nộp, việc tính toán số tiền thuế phải nộp trong trường hợp hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế trên cơ sở kết quả kiểm tra theo quy định tại mục 3 Chương II Thông tư 38/2015/TT-BTC.

- Kiểm tra, đối chiếu thông tin trên thông báo kết quả xác định trước với hồ sơ và thực tế lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp hàng hóa phải kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa; nếu hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không đúng với thông báo kết quả xác định trước thì tiến hành kiểm tra, xác định mã số, xuất xứ, trị giá hải quan theo quy định.

5. Kiểm tra giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu, kết quả kiểm tra chuyên ngành

Cơ quan hải quan kiểm tra, đối chiếu thông tin về giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu; kết quả kiểm tra hoặc thông báo miễn kiểm tra chuyên ngành do cơ quan kiểm tra chuyên ngành gửi đến hoặc do người khai hải quan nộp trực tiếp cho cơ quan hải quan với thông tin khai trên tờ khai hải quan.

6. Kiểm tra thực tế hàng hóa

- Kiểm tra hàng hóa nhập khẩu trong quá trình xếp, dỡ từ phương tiện vận tải nhập cảnh xuống kho, bãi, cảng, khu vực cửa khẩu nhập và hàng hóa xuất khẩu sau đã thông quan được tập kết tại các địa điểm trong khu vực cửa khẩu xuất;

- Kiểm tra thực tế hàng hóa đối với những lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu khi làm thủ tục tại Chi cục Hải quan cửa khẩu;

- Kiểm tra thực tế đối với hàng hóa được vận chuyển đến địa điểm kiểm tra tại Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hoặc địa điểm kiểm tra tập trung của Cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hoặc địa điểm kiểm tra tại chân công trình, nhà máy;

- Kiểm tra về lượng hàng hóa;

- Kiểm tra thực tế hàng hóa để xác định tên hàng, mã số hàng hóa, trị giá hải quan, xuất xứ, hàng hóa đã qua sử dụng hoặc chưa qua sử dụng: thực hiện theo quy định tại các Điều 24, Điều 25 và Điều 27 Thông tư 39/2018/TT-BTC.

- Kiểm tra hàng hóa có yêu cầu bảo quản đặc biệt;

- Kiểm tra thực tế phương tiện vận tải;

- Kiểm tra thực tế hàng hóa theo đề nghị của Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan;

- Kiểm tra hàng hóa phải kiểm dịch, hàng hóa phải kiểm tra chất lượng, kiểm tra an toàn thực phẩm;

- Kiểm tra việc bảo quản hàng hóa.

7. Kiểm tra lấy mẫu, lưu mẫu hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu

Cơ quan hải quan kiểm tra lấy mẫu, lưu mẫu hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong các trường hợp sau:

• Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lấy mẫu để phục vụ việc khai hải quan theo yêu cầu của người khai hải quan hoặc cơ quan kiểm tra chuyên ngành;
• Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải lấy mẫu để phục vụ phân tích hoặc giám định theo yêu cầu của cơ quan hải quan.